Comentario
El regreso de la Victoria replanteó la cuestión de las Especiería: organización del comercio con las Molucas y solución del conflicto con Portugal, para lo cual habría que fijar la posición de tales islas respecto al antimeridiano de Tordesillas. Para afrontar dichos problemas se organizaron varias flotas y se creó la Casa de la Contratación de La Coruña, ya que la de Sevilla no servía para el negocio especiero (requería naos de gran porte que no podían remontar la barra del Guadalquivir). La Coruña, además, estaba mejor situada para enviar las especias a los puertos flamencos, ingleses, alemanes, etc., como se pretendía. Esta Casa tuvo una vida efímera, sin embargo, pues duró lo que las aspiraciones españolas a las Molucas.
La nueva armada a la Especiería se confió a frey Jofre García de Loaysa, con Juan Sebastián Elcano como segundo y piloto mayor. Se alistaron siete buques y 450 hombres que partieron de La Coruña el 24 de julio de 1525 y repitieron el viaje de Magallanes hasta el Estrecho. Aquí sufrieron dos grandes tormentas que destrozaron la expedición. Alguna deserción y el despiste de otra nave -que fue a parar a México- redujeron la flota a sólo la capitana, que se adentró finalmente en el Pacífico. Murió Frey Jofre y poco después Elcano. La nao, bajo el mando de Salazar, y con el escorbuto diezmando a los tripulantes, alcanzó la isla Guam, donde se encontró un superviviente de la Trinidad. Llegó a Tidore el 1 de enero de 1527. Los españoles construyeron un fuerte y resistieron los ataques portugueses durante muchos años.
La tercera flota a la Especiería fue capitaneada por Sebastián Gaboto, el hijo de John Cabot, que estaba radicado en España. Constaba de cuatro naves que zarparon en 1526. Al llegar al Río de la Plata, Gaboto se dedicó a explorarlo en vez de seguir hacia su verdadero objetivo, por lo que no llegó nunca al Pacífico.
Alarmado el Emperador por la falta de noticias sobre Loaysa y Gaboto, escribió a Hernán Cortés el 20 de junio de 1526, pidiéndole que enviase unos barcos hacia las Molucas en busca de ellos. Cortés mandó a su primo Alvaro de Saavedra en octubre de 1527 con dos naos y un bergantín. Sólo una de las naos, la Florida, resistió la travesía, arribando a Mindanao y luego a las Molucas en marzo de 1528. Aquí encontraron a los sobrevivientes de la expedición de Loaysa. La Florida intentó dos veces regresar a México, sin lograrlo. Sus tripulantes se unieron a los hombres de Loaysa y estuvieron luchando con los portugueses hasta noviembre de 1530, cuando supieron por tres naves lusitanas que Carlos V había firmado el Tratado de Zaragoza (1529), cediendo las Molucas a los portugueses a cambio de una indemnización de 300.000 ducados. Los últimos españoles abandonaron las islas especieras en 1534 y 1535. Entre ellos figuraba el piloto vasco Andrés de Urdaneta, a quien le estaba reservado el descubrimiento de la ruta para volver de Oceanía a América.